
Luchtverontreiniging
De uitlaatgassen van scheepsmotoren bevatten verschillende stoffen, die nadelige milieu-effecten veroorzaken. Vaak zijn die veel viezer dan uitlaatgassen van auto's of fabrieken, omdat de brandstof waar schepen op varen smeriger is. In havens en langs de kust is dat soms goed te ruiken.
Ballastwater
Ze varen liever beladen, maar soms moet een zeeschip met lege ruimen van de ene haven naar de andere. Voor de stabiliteit wordt dan water in de ruimen gelaten. Dat heet ballastwater. Dit zeewater wordt weer geloosd in de haven van aankomst of in de kustwateren. Jaarlijks gaat zo 10 miljard ton 'vreemd zeewater' het schip uit. In dit ballastwater zitten veel verschillende planten en dieren, en die varen mee naar een vreemde zee. Zo duiken overal nieuwe zeedieren en -planten op. Wereldwijd zorgt dit voor minder variatie in het leven aan de kusten.In de afgelopen honderd jaren zijn ruim 150 geïntroduceerde soorten ontdekt in de Noordzee, waaronder Japans bessenwier, Amerikaanse boormossels en zwaardschedes, Niewzeelandse zeepokken. In 2006 troffen zeebiologen de Amerikaanse ribkwal Mnemiopsis leidyi aan in de deltawateren en de Waddenzee. Die kan zich explosief ontwikkelen. Eerdere invasies in de Zwarte Zee en de Kapische Zee leverden grote problemen op. Vooralsnog viel het in de Nederlandse wateren mee.Het probleem van introductie via ballastwater is lastig op te lossen. Als je ballastwater halverwege de reis verwisselt op volle zee, verklein je de kans op ongewilde introducties. Dat is dan ook in sommige landen verplicht.
Clean ship project
In 2002 lanceerde de internationale milieuorganisatie Seas at Risk het idee van een ideaal schip dat niets hoeft te lozen, gebouwd is van recyclebaar materiaal en dat kan varen met een minimum aan brandstof: het zogenaamde 'Clean Ship' concept. Onder deze titel zijn inmiddels vele nieuwe ideeën bedacht om zo'n schip te maken. Het meest tot de verbeelding spreken de grote vrachtschepen met moderne zeilen, die op een minimum aan brandstof de wereld rond kunnen.