Het RIKZ viel onder Rijkswaterstaat en adviseerde het Ministerie van Verkeer en Waterstaat op het gebied van vraagstukken rond kust en zee. Het beheer van de zeeën en kusten heeft altijd een belangrijke plaats ingenomen bij Rijkswaterstaat. Sinds najaar 2007 is een deel van het RIKZ opgenomen in de Waterdienst, die op 1 april 2013 weer is opgegaan in de landelijke dienst van de Rijkswaterstaat: RWS Water, Verkeer en Leefomgeving. Een ander deel van het RIKZ is in 2007 opgegaan in Deltares.