Driedoornige stekelbaarzen kunnen zowel in zoet als in zout water leven. De meeste zwemmen 's winters in het kustwater of in riviermondingen. In het voorjaar trekken ze het zoete binnenwater in om een nestje te bouwen en eieren te leggen. Het mannetje heeft daar veel werk aan. Hij bouwt het nest, verdedigt zijn territorium tegen andere mannetjes, verleidt de vrouwtjes met een ingewikkelde zigzagdans, waaiert de eitjes zuurstofrijk water toe met zijn vinnen en beschermt de eitjes en later de jonge stekelbaarsjes met hand en tand tegen vraatzuchtige rovers.