Om in het wild voorkomende soorten te beschermen is er in Nederland één wet, de Flora- en faunawet. In deze wet zijn de Europese verdragen en richtlijnen (Habitatrichtlijn, Vogelrichtlijn) en internationale verdragen (CITES) vertaald. De wet regelt o.a. de bescherming van soorten, vaststellen van beschermde leefomgevingen, mogelijkheden voor beheer en schadebestrijding, de handel in beschermde soorten, en de jacht op wild.
Zeldzame soorten
Een dier- of plantensoort komt op de Rode Lijst als deze zeldzaam is en in aantal achteruit gaat. De lijsten worden in opdracht van het ministerie van LNV opgesteld. Omdat de Rode lijst geen jurische status heeft, worden deze bedreigde soorten opgenomen worden in de Flora- en Faunawet.
Beschermde leefomgeving
De wet biedt ook de mogelijkheid om een landschapselement of een object, zoals bijvoorbeeld een bunker waar vleermuizen overwinteren, aan te wijzen als beschermede leefomgeving. Hierdoor is het mogeijk handelingen te verbieden die de plaats zouden kunnen aantasten.
Beheer en schadebestrijding
Omdat sommige dieren schade veroorzaken, kan er een ontheffing of vrijstelling verkregen worden van de verbodsbepalingen van de Flora- en faunawet. Hierbij hebben de provincies de meeste bevoegdheden. Voor ganzen (kolgans en grauwe gans) is een speciale regeling vastgelegd in het Beleidskader Faunabeheer. In speciale foerageergebieden zijn de ganzen volledig beschermd, daarbuiten mogen ze verjaagd worden, en in sommige gevallen mogen ze worden gevangen en gedood.
Handel in beschermde soorten
De handel in planten- en dierensoorten is aan strikte regels verbonden. Voor de internationale handel is CITES (Convention on International Trade in Endangered Species of Wild Fauna and Flora) van belang. Voor soorten die hier niet onder vallen, geldt de Flora- en fauna wet.
Jacht
De wet merkt nog slechts zes diersoorten aan waarop gejaagd zou kunnen worden: haas, fazant, wilde eend, konijn, houtduif en patrijs. De jacht op de patrijs is echter gesloten, omdat hij de Rode Lijst van vogels voorkomt. Per soort is door LNV vastgesteld wanneer er op gejaagd mag worden. Voor andere soorten dan wild geldt een regime van beheer en schadebestrijding. Per 1 april 2006 is de jacht op de vos weer toegestaan. In de Flora- en Faunawet is ook opgenomen dat in het kader van beheer en schadebestrijding dieren mogen worden afgeschoten wanneer ze schade berokkenen, zoals bijvoorbeeld grauwe ganzen bij de Amstelmeerdijk en mollen in de tuin.