Het Duitse waddengebied loopt van Borkum in het zuidwesten tot Sylt in het noordoosten. Het Oostfriese deel van het gebied, van Borkum tot de Jade, heeft een rij duineilanden met daarachter een ondiep getijdengebied. Van de Jade tot aan het schiereiland Eiderstedt liggen de diepe geulen van de Weser en de Elbe. Hier liggen veel minder eilanden. Ten noorden van Eiderstedt begint het Noord-Friese waddengebied, met grote zandplaten en duineilanden, en daarachter het landschap van de Halligen. De kusten van de Duitse deelstaten Nedersaksen, Sleeswijk-Holstein en Hamburg grenzen aan de Waddenzee. Ook de deelstaat Bremen ligt voor een klein deel aan de Waddenzee.