
Staatsnatuurmonument
De Waddenzee is voor 90% aangewezen als Staatsnatuurmonument. Visserij-activiteiten moeten daar passen in het natuurbeschermingsbeleid. Dat betekent dat rekening wordt gehouden met de effecten van visserij op de natuurwaarden; het bodemleven, de zeezoogdieren en de voedselvoorziening voor vogels. Ongewenste effecten van de visserij moeten door beperkingen worden teruggedrongen.
PKB
Voor Nederland heeft de Planologische Kernbeslissing (PKB) 'Waddenzee' betrekking op alle grond die bij vloed vanuit de Waddenzee onderloopt. Dit is inclusief de kwelders (zoals de Boschplaat op Terschelling en Nieuwlandsreid op Ameland), strandvlakten (zoals de Hors op Texel en het Rif bij Schiermonnikoog) en onbewoonde eilanden, zoals Rottumeroog en Griend. Het Noordzeestrand op de eilanden en buitengaatse zandplaten zoals Noorderhaaks vallen buiten het beschermde gebied. Binnen het PKB-gebied zijn de gebieden in verschillende mate beschermd. Het strengst beschermd zijn de staatsnatuurreservaten: in artikel-17 van de Natuurbeschermingswet staat dat deze gebieden niet vrij toegankelijk zijn. Daarnaast zijn er gebieden die vallen onder het mildere artikel 16 van de Natuurbeschermingswet. Daar mag iedereen komen, maar activiteiten die de natuur duidelijk verstoren kunnen worden geweerd. En tenslotte zijn er de druk bevaren vaargeulen en dergelijke, die niet onder de Natuurbeschermingswet vallen. Op deze gebieden zijn alleen de algemene bepalingen van de PKB van kracht.
Habitatrichtlijn
Het deel van de Waddenzee dat Staatsnatuurmonument is, is door het toenmalige Ministerie van Landbouw, Natuurbeheer en Voedselkwaliteit in 1996 aangemeld als Habitatrichtlijn-gebied. De Habitatrichtlijn is een belangrijk instrument voor de natuurbescherming binnen de Europese Unie. De aanwijzing van dit soort gebieden gebeurt in het kader van een uitgebreid programma dat Natura 2000 heet. Gebieden worden eerst aangemeld door het land, dan aangewezen door de Europese overheid, waarna weer op landelijk niveau een beheerplan moet worden opgesteld. De Nederlandse Waddenzee is definitief aangewezen als Natura 2000-gebied. Het beheerplan is nog in ontwikkeling.
Bijzonder Kwetsbaar Gebied
De Verenigde Naties hebben de Waddenzee in 2002 aangewezen als Bijzonder Kwetsbaar Gebied. Die status is vooral van belang voor de scheepvaart, met het oog op lozingen van afval, ladingsresten en ballastwater, en met het oog op luchtverontreiniging. De Nederlandse PKB Waddenzee bevatte al strenge regels op dit gebied, zodat er geen aanvullende maatregelen zijn genomen. De status wordt wel op zeekaarten vermeld en zeevarenden worden van het bestaan op de hoogte gebracht.
Werelderfgoed
In de zomer van 2009 zijn alle buitendijkse delen van het Nederlandse en Duitse waddengebied opgenomen in de lijst van Werelderfgoederen van de UNESCO. Het motief voor die aanwijzing was dat de Waddenzee een ondiep, dynamisch getijdengebied is. Natuurbebieden van dit type zijn zeldzaam op wereldschaal. De status Werelderfgoed biedt geen extra bescherming. Het is wel een belangrijk 'keurmerk' voor het toerisme in het gebied.
Waddenfonds
In 2004 heeft het kabinet besloten om de kokkelvisserij te stoppen en om de gaswinning in de Waddenzee toe te staan. Met de aardgasbaten zou dan geld vrij komen voor natuurprojecten, onderzoek en duurzame economische ontwikkelingen. Dat geld wordt in het Waddenfonds gestort. Via dit fonds wordt voor een periode van 20 jaar 800 miljoen euro beschikbaar gesteld voor het Waddengebied.