Moeraszoutgras kan vrij veel zout verdragen, maar zout is niet noodzakelijk voor het voorkomen van de plant. Hij vormt geen pollen en in de aren zitten de bloempjes verder uit elkaar dan bij schorrenzoutgras. Het kan gevonden worden langs slootkanten, langs al of niet brakke sloten, in drassige hooilanden en soms in trilveentjes. In de duinen staat het in natte valleien. Op strandvlakten die omringd zijn door duinen komt moeraszoutgras voor op de grens van zout en zoet water.